在世界最高峰的侦探养成学校BLUE，曾经有一个天才，他以罕见的才能被视为将来的希望。被称为BLUE建校以来的天才的鸭乃桥龙以在校中的某个事件为契机，作为侦探拥有致命的“缺陷”，被驱逐出BLUE，被禁止“侦探”。5年后。警视厅搜查一课的刑警·一色都丸来到过着失意和无聊的日子的罗恩身边寻求对连续杀人事件的协助，停止的罗恩的时间再次开始行动。知道了罗恩的苦恼，亲切地提出支持的“纯洁的曼努克”一色都是丸。这样的他被罗恩称为“托托”，感觉两人的搜查有无限的可能性，于是指名托托为搭档。解开谜团的罗恩和正在进行搜查的托托。稍微有点理由的凹凸侦探组合，华丽地解决神秘的事件……！！
警视厅搜查一课忙着调查一起连续杀人案，然而，年轻的刑警一色都都丸（通称“都都”），因过去屡屡失败而被上司雨宫命令回家。总务课的菊给他介绍了一名侦探。于是他前去拜访，出现在他面前的竟是一个留着一头乱发的奇怪男人，鸭乃桥论……。
论灵机一动发现只要利用都都就能进行事件调查，于是论又重拾了过去的干劲。话虽如此，都都却被雨宫前辈视为无能而无法参与重要的调查，反而都丢给他一些看似不重要、不起眼的“杂务”要他处理。然而，论对其中一起“存钱筒里的钱减少了”的案子产生了兴趣。
在家居用品店的抽选活动中，论赢得了一等奖的温泉旅行双人券。于是他邀请了都都一同前往，两人入住了一家红染温泉旅馆。但是，出来迎接的掌柜看起来和蔼可亲，但其真实身份却是BLUE组织派来调查论的追踪学教官，修比兹·费亚。
在温泉旅馆里发现了一名女性房客的尸体，很明显这被认为是一起谋杀案。于是论开始推理，听着房客们的陈述。修比兹暗地里为抓住论的侦探行为证据的机会而高兴，但表面上是都都在行动，一度成为嫌疑人的雨宫也将调查委托给都都。
为了联合调查连环杀人案，超级敏锐的侦探·翡翠臣疾来到了搜查一课。雨宫与翡翠互相竞争，雨宫故意借了毫无用处的都都给对方，但都都的存在甚至没有进入翡翠的视线。直到论出现在新的案发现场，才引起了翡翠的竞争心。
论沉迷于验证有无超能力的电视节目。在这个直播节目中，超能力者虎毛团吉和脑神经外科医生卯咲萌芙进行了一场对决。虎毛展示了一种以写在板子上的字来操控大脑的超能力，但受试者在看到板子上“死亡”这个词后突然倒下。警视厅搜查一课忙着调查一起连续杀人案，然而，年轻的刑警一色都都丸（通称“都都”），因过去屡屡失败而被上司雨宫命令回家。总务课的菊给他介绍了一名侦探。于是他前去拜访，出现在他面前的竟是一个留着一头乱发的奇怪男人，鸭乃桥论。
都都和论受邀前往南暖岛天文台举办的的流星雨鉴赏会。在受邀的客人中，还有BLUE的“闭环学”教官，约翰·古里兹利。这个岛曾经在10年前的鉴赏会上发生了一起谋杀案，因此天文台馆长出于警戒之心，邀请了杰出的刑警都都和BLUE的一流侦探。论灵机一动发现只要利用都都就能进行事件调查，于是论又重拾了过去的干劲。话虽如此，都都却被雨宫前辈视为无能而无法参与重要的调查，反而都丢给他一些看似不重要、不起眼的“杂务”要他处理。然而，论对其中一起“存钱筒里的钱减少了”的案子产生了兴趣。
论成了杀人事件的嫌疑者，都都为了证明论的清白努力搜查案件。连古里兹利也一起调查，但随着线索推进，发现除了论以外的关系者都有不在场证明，不管怎么看犯人都只能是论。但是古利兹利听了都都调查的当时的犯罪现场情况，坚信真正的犯人另有其人。在家居用品店的抽选活动中，论赢得了一等奖的温泉旅行双人券。于是他邀请了都都一同前往，两人入住了一家红染温泉旅馆。但是，出来迎接的掌柜看起来和蔼可亲，但其真实身份却是BLUE组织派来调查论的追踪学教官，修比兹·费亚。
都都召集了相关人员，讲述了被安排在论身上的事件的真相。 在那里犯人的名字终于被公开了。 对于反驳的犯人，都都一个接一个地揭露了诡计的谜题。 死心塌地的犯人想要自己结束生命，但最后他透露这次事件是以论为目标的陷阱，也暗示背后有幕后黑手。在温泉旅馆里发现了一名女性房客的尸体，很明显这被认为是一起谋杀案。于是论开始推理，听着房客们的陈述。修比兹暗地里为抓住论的侦探行为证据的机会而高兴，但表面上是都都在行动，一度成为嫌疑人的雨宫也将调查委托给都都。
都都决定接受周刊杂志的一天紧贴采访。 记者门季尘是接二连三解决疑难事件的都都的大粉丝。 在那家稀里糊涂进去的咖啡店当店员的论，得知尘是事件记者后，预计会成为很好的信息源，所以招待她。 那时，店内会发生事件……！为了联合调查连环杀人案，超级敏锐的侦探·翡翠臣疾来到了搜查一课。雨宫与翡翠互相竞争，雨宫故意借了毫无用处的都都给对方，但都都的存在甚至没有进入翡翠的视线。直到论出现在新的案发现场，才引起了翡翠的竞争心。
都都受雨宫之命去爱知出差，久违地见到了翡翠。 失去部下山根后处于萎靡状态的翡翠，再也没有了以前那种敏锐的洞察力。 现在正在调查被称为“疯狂变色龙”的七变犯人的过路杀人魔事件，在都都和翡翠的眼前进行新的犯罪！论沉迷于验证有无超能力的电视节目。在这个直播节目中，超能力者虎毛团吉和脑神经外科医生卯咲萌芙进行了一场对决。虎毛展示了一种以写在板子上的字来操控大脑的超能力，但受试者在看到板子上“死亡”这个词后突然倒下。警视厅搜查一课忙着调查一起连续杀人案，然而，年轻的刑警一色都都丸（通称“都都”），因过去屡屡失败而被上司雨宫命令回家。总务课的菊给他介绍了一名侦探。于是他前去拜访，出现在他面前的竟是一个留着一头乱发的奇怪男人，鸭乃桥论。
论和都都启程前往偏远村落，帮修比兹找 11 年前失踪的大哥，交换条件是他要提供某个重要档案。
侦破村子的命案后，修比兹把 BLUE 校长的加密信息转交给论，内容与「血的实习事件」有关。
「血之实习事件」的幕后黑手M家的现任家主迈洛·莫里亚蒂，为了给伦带来更大的绝望，向派往日本的温特下达了指令。随后，涩谷发生了一起谋杀案。赶到现场的伦和托托在那里看到的，是一个被独角兽装饰物刺穿的男性尸体。
涩谷又发生了一起谋杀案。受害者的队友因震惊而逃跑。伦和托托紧追不舍，试图找到更多关于逐一猎杀黑客团队的凶手的信息。然而，随着信息了解的深入，事件变得愈发扑朔迷离。
暗号预告的 12 点，全向十字路口的街头屏幕爆炸了，温特说自己把雨宫和骇客当成人质，并在他们身上绑了炸弹，企图利用无法拯救两人的罪恶感折磨论，但是论发现这是一个圈套，确信雨宫和骇客没事后，他设法解开最后的暗号。
论的主治医生卯咲萌芙搬到论住的公寓空房，萌芙研发出的新药能抑制论的疾病，但是论依赖安全性存疑的药物这件事让都都很担心。都都建议论暂时休养，邀请萌芙一起去海水浴场，论本来想在海滩小屋享用黑糖蜜刨冰，结果……。
论他们去找海滩小屋的店长询问关于死掉的冲浪手的事情，怀疑他是凶手的论直接追问，但是店长在死亡推测时间有完美的不在场证明，也找不到能证明他杀人的证据，多亏萌芙发挥她的笨拙精神，才让论找到意想不到的线索。
才华绑架犯蜂鸟接二连三绑架不同领域的天才，引起轩然大波，论陪都都一起去听超人气歌手妞妞的演唱会，结果演唱会结束后，妞妞的后台休息室收到蜂鸟寄来，预告要绑架妞妞的问候信……。
妞妞从别墅的作曲室里消失了，没发现外部的入侵者，找遍整栋别墅都找不到她，山王说出自己的推理，断定蜂鸟的真面目就是妞妞的经纪人三桥，但是论看出他的推理有漏洞。
论因为没有案子觉得很无聊，让都都目瞪口呆，两人与案件记者．门季千瑚璃同行，一起去采访研究「认知心理学」的大学研究室，在那里认识被称为「年轻王牌」的青江助教和4名学生，除了崇拜青江的姬野之外，其他3名学生的气氛好像有些险恶。
论和都都在青江和学生们面前推理，解开这次的案子，研究室收到寄给被害者姬野的恐吓信，但由姬野使用爆炸的实验室是在今天凌晨才决定的事，都都从这里提出疑点，锁定凶手，看着凶手说出自私的犯罪理由，论说了冷酷的话……。
位于绿意盎然的高原上的餐厅「Reunion」，聚集各种各样受邀而来的客人，厨师酒井在晚餐时，端出套餐料理让客人品尝，但除了论、都都和高中生米亚，其他人看到菜色后都一脸惊恐，隔天早上，园艺师加德纳被人发现死在自己的房间……。
Auberge发生第二起杀人案，尸体被发现泡在染成红色的浴池里，第二个命案现场被布置成晚餐料理的模样，论推测这是解开谜题的线索，结果发现因为前一晚的料理感到惊慌的宾客，都和17年前发生的研究员谋杀案有关……。
知道父亲艾略特是M家的成员，自己身上流着罪犯的血后，让论大受打击，即使发生第3起杀人案也毫无反应，都都带着无精打采的论四处进行调查，后来重新打起精神的论告诉都都，解决完这次的案子后，自己就要放弃当侦探。
一连串的案子背后有M家在操控，凶手打算杀掉与17年前的案子有关的所有人员，论的脑袋里闪现过去的回忆，让他想起至今为止一直被自己遗忘的父亲的记忆，这件事带给他的并不是绝望，而是继续阻碍M家的坚定决心。
