在身为消防员的父亲因公殉职后，11岁的地球男孩小光便和妈妈一同生活着。小光承袭了父亲的强健体魄和救人于危难时的果敢与热忱，非但没有因为父亲的离世而意志消沉，反而更坚定了他想要像爸爸那样英勇救助他人的志向。平时喜好研究外星生物的他，一直梦想着有朝一日能够成为比爸爸更伟大的英雄！而这个梦想似乎正在逐步化为现实，因为他在无意间卷入了一场两个不同外星球争夺对地球的掌控大战之中。
小光是个11岁少年，一直怀揣着拯救地球的英雄梦。这一天，小光在偶然间看到了不明飞行物的降落，一路追踪却无果。班上新来了两个冷漠又古怪的转校生：敏敏和阿离。敏敏不慎掉落的手环被小光拾到，而由于好奇而戴上的纳米手环竟让小光变身成了外星人。原来敏敏一家都来自五行星上的阿尼拉王国，此番来地球正是为侵略地球作准备的。
敏敏父母告诉小光，纳米手环具有强大功能，比如改变物质的形态、随时收纳或提取任何大小的物件及生物等等。体育课上，阿离在同小光比试足球中，再次出丑，气急败坏的阿离丧失理智，竟直接在学校里释放出了迪曼怪兽——拉奥斯兽！小光躲开众人，变身为阿尼拉人形态与拉奥斯兽进行战斗，最终用一记精彩的电光拳打倒了怪兽。
马丽老师带着全班同学一起来到动物园写生。首次来到动物园的敏敏，对于地球人将动物关在笼子里用以观赏的做法深感不满，自作主张使用纳米手环将动物们从笼子里统统放了出来。阿离趁乱偷偷放出了五行金元素属性的迪曼怪兽——帕格斯兽。最终，敏敏教会小光如何结合纳米手环运用自身的火元素，并最终打倒了帕格斯兽。
为帮助性格乖僻、处事冷漠的阿离尽快融入集体，马丽老师安排小光每天和阿离一起放学回家，小博也自愿加入了进来。小博一心想要将阿离的真实身份以及他和怪兽之间暗藏的关系调查清楚。当小博独自一人来到阿离家想要展开调查时，恰巧发现了在阿离家入室行窃的小偷。小偷慌不择路地逃跑，却不慎释放出了具有五行金属性的塔朗迪兽。及时赶到的小光变身为阿尼拉人，成功打倒了怪兽，保护了大家。
晴朗的周末，马丽老师和萧成组织全班同学一起到湖边进行野外烧烤。负责钓鱼的阿离迟迟钓不到一条鱼，小光直接跳进湖里，不一会儿就徒手抓出了一条硕大的鱼，引得大家纷纷拍手叫好。阿离感到了屈辱，趁众人不备，释放出了水属性的迪曼怪兽——斯巴路鱼。
小光和小博为了帮助萧成延续他的音乐梦想，答应和他一同组建一支摇滚乐队参加摇滚音乐节。身为宇宙中最富有音乐天赋的阿尼拉人，敏敏对于架子鼓很快就上手。而迪曼人阿离也不遑多让，轻松掌握贝斯的弹奏技巧。临近出场，阿离紧张得肚子疼，躲进厕所作调整，却在匆忙之中把装有怪兽胶囊的文件箱遗忘在了厕所。演出中，激烈的音乐激活了听觉颇为灵敏的哈林格兽，小光迅速变身投入了战斗。
敏敏一家返回五行星向阿尼拉国王汇报任务进度。阿离在得知敏敏一家暂离地球的消息后，编造一个最新发现的遗址为诱饵将小光和小博引骗到了早已埋伏好怪兽的后山。一番探寻之后，小光不顾小博的劝阻，触动机关，落入阿离预先设计好的圈套之中。小光独自进入一间密室，不慎打开石棺，放出了土属性的迪曼怪兽——力曼达鲁！
得知从力曼达鲁手下慷慨相救的禅大师和敏敏一家同样来自五行星，让小光顿时对他产生极大的亲切感，不仅如此，禅大师更是银河系中最厉害的五行大师，小光便忙不迭地请求禅大师教他修习五行。另一方面，获悉禅大师确切身份的阿离则加紧侵略地球的步伐。
在亲眼见识了小光从一个五行的门外汉在极短的时间里，只是经由自己只言片语的点拨，就依靠坚定的意念和无可限量的潜力激发出土属性攻击之后，禅大师怀揣着好奇的心态，决意正式开始教导小光五行。同时，他也想对小光身为地球人却拥有的五行操纵能力一探究竟。
小光的班级要在校庆活动中演出《杰克和魔豆》这出短剧。短剧排练中，阿离受到上级的责难，视小光为眼中钉。为了拖延小光前往修行的时间，阿离总是在排练中对小光的任何细微差池不依不饶，甚至在众人纷纷离去后，仍喋喋不休。小光却因此歪打正着领会了金元素的掌握方法。心怀不忿的阿离放出了形同食人植物的怪兽——芙拉沃兽。
敏敏和阿离有着各自的烦心事，但他们烦恼的根源却都是小光。无奈之中他们决定通过购物来发泄坏情绪。但好景不长，二人不知怎的就一言不合起了争执，敏敏愤而独自离去，而阿离的文件箱也被打翻。阿离的一个怪兽胶囊被路过的小孩拾去，释放出了塞壬陵鱼。不服输的敏敏依靠自己的力量，利用自己的土属性，依据五行相克的原理成功击退并收服了塞壬陵鱼。
在禅大师的悉心教导下，小光已经顺利掌握了“火、水、木、金”这4个五行元素的基本运用，但就在进行到土元素的修行中却陷入了困顿之中。由于不断受到上级的责难，阿离的心理压力日益剧增。急于完成侵略任务的阿离这次又放出了具有五行水属性的苏来水怪。苏来水怪在汲取了地球污水的能量后，变得分外壮大，更是劫持了小光的妈妈。
小光在修行恒星完成了第一阶段的初级五行修行之后，不知为何像是完全变了一个人似的，一向视力良好的他架起了一副眼镜，整个人也突然开了窍，遇事变得沉着冷静，擅于分析规划，成了人人钦羡的小天才。
敏敏的爷爷，也就是统治着整个宇宙中最发达的星球——五行星的阿尼拉国王，本来对于侵占地球一事认为是一件无足轻重的简单任务，派遣戴伟携妻女来到地球作为侵略的先遣部队无非是让其有所历练，有助于他日后继承自己的王位，在全宇宙继续享有认可度和拥趸。但眼看日子一天一天过去，侵略行动却迟迟难以展开，阿尼拉国王终于耐不住性子，决定带领小队亲信人马亲自来到地球一探究竟，却在敏敏家意外发现了地球人小光的存在。
虽然在最后的关键时刻由小光击败了巴宁谷飞龙，但阿尼拉国王等人乘坐的宇宙飞船还是在激战中遭到了严重破坏，需要在地球停留数日加以维修。而在这段说长不长说短不短的整修期间，要如何在众目睽睽之下掩盖宇宙飞船这么一个庞然大物呢？幸好他们凑巧听说了太阳城近期将举办超大型鬼屋游览的活动，便决定借此机会将宇宙飞船临时改造成鬼屋对外营业，借以瞒天过海。
虽然有了和小光合作联手打败罕朵树怪的胜利经历，但敏敏想到身为比自己低等的地球人却比自己研习得更高阶五行运用法则的小光，敏敏就气不打一处来，脾气也因此变得日益暴躁。将这些看在眼里的戴伟和安静想到敏敏这样的年纪正是地球女孩们所处的青春叛逆期，便不由得担心她会因此而误入歧途。
经历过两次双倍五行元素能量的怪兽侵袭失败的惨痛经历后，阿离明白了只有制造机会让小光单独应对怪兽，他就无法和其他人合作运用五行相生的原理击打出可以克制双倍元素怪兽的相应双倍攻击了。因此，阿离想尽了一切办法试图支开敏敏一家。恰好，电视广告中播出的极光之旅抽奖活动吸引了阿离的注意。
由于莱锐行是受到了命运的召唤，才撇下了阿尼拉国王的王位，所以没来得及向国王和弟弟拉鲁留下只言片语的交代就突然在继承王位的前夜突然失踪了。因此，原本一心只求成为宇宙生物学家的拉鲁被强制接替莱锐行继承王位。
本就对地球生物颇感兴趣的安静，一次偶然的机会中，受爱玛的推荐，接触到了盆栽及园艺布置，自此一发不可收拾。尤其受到了同样热爱研究生物的戴伟大力支持，安静索性在家中摆满了各种各样的地球植物。
一场激烈的鏖战过后，小博想起自己落了东西在阿离家，便匆匆赶往，却因此在无意间撞破了阿离的惊天大秘密！原来，又一次作战失败的阿离正在靠洗澡赶走心中的烦闷情绪，却忘记关上家门。
因为小光不问明缘由就轻率地将纳米手环借给了小博的缘故，敏敏和小光吵得不可开交。敏敏认为小光没有坚守住当初对他们一家人“绝不向任何人提及有关阿尼拉王国和纳米手环的事”这一承诺，是言而无信的表现。
由于迟迟没有收到小光的道歉，敏敏也始终不愿给他好脸色看，两个人的关系逐渐濒临破裂。阿离真正的危机来临，替代自己进行侵略任务的迪曼工作人员4706已经被派来了地球。提顿网兽暗自汲取植物能量，进化为珀森飞蛾，并再次发起了强势的攻击。在小博的耐心劝导下，小光终于向敏敏道歉，二人成功合作击败了珀森飞蛾。
小光知道敏敏隐瞒身份的事，气急攻心，免疫力下降感染了流行性病毒。阿离特意释放出了必须有小光参战才有可能打倒的怪兽：具有双倍金元素五行能量的杰拉克兽，但是这并没有起到作用，反而将小光置身危险之中。危急时刻，禅大师及时现身，打败了杰拉克兽，将小光带回修行恒星助其回复身体。
经历了阿离对自己深厚友情的背叛这一重大打击，小光胸中难以遏制的怒火导致他丧失了先前跟随禅大师辛辛苦苦修炼得来的所有五行力量。与此同时，由全宇宙中来自不同星球的五行大师们聚集在一起举行会议，他们均已从不同渠道得知了禅大师对于小光这个地球人教授五行之术的特别优待，一方面质疑小光的能力，另一方面更以此怀疑起了禅大师认定区区一个不起眼的地球人小光为“传说中的阿尼拉人”是否为正确的选择。须知道“传说中的阿尼拉人”可是在千万年的预言中主宰着整个宇宙未来和平的至关重要的人物，几乎所有的五行大师们都对小光的能力存疑，尤其是他们听闻了小光被迪曼怪兽击倒至受伤严重的消息后，更是坚定了要对禅大师进行弹劾的想法。而在修行恒星上，小光询问禅大师如何才能恢复拥有五行的力量，可禅大师却说这件事只能靠小光自己去寻找答案。地球上，阿离绑架了身为阿尼拉公主的敏敏，并把敏敏封锁在了迪曼胶囊里，以此威胁戴伟和安静代表阿尼拉王国彻底地撤离地球。整个阿尼拉王国因此都陷入了慌乱之中，众人均束手无策。留在修行之星专心修行的小光，通过个人冥想再次确认了自己到底是为何而战斗的，并掌握了更深层次的五行。利用阿离不服输的心态，小光运用激将法打败了金迪亚兽，成功解救了敏敏。
即使阿离使出了绑架敏敏这样的绝招却也依然被小光击败，因此阿离被告知已经被迪曼军团赶出了暗黑星，而与此同时4706则开始正式取代阿离，开始了紧锣密鼓地部署侵略地球的计划。行事狠辣的4706一次性释放出了金迪亚兽以及5个分别具有火、水、木、金、土五行属性的哈林格兽，同时发起猛攻。眼看危险临近，小博竟在一时情急之中激发出了潜能，从催生出了一条和阿尼拉人一样的尾巴，虽然身体其他部分依然保持着原样，但形成半变身状态的小博因在戴伟相赠的纳米手环协助下，拥有了一定的攻击力。敏敏、戴伟、安静以及新加入战队的小博四人发挥各自的五行属性能量，通力合作才勉强招架住了5个哈林格兽的围攻。然而另一边，独自作战的小光对应金迪亚兽的五行金属性按照五行相克原理发出的火元素攻击却对它完全不起作用。眼看着小光陷入了命悬一线的危机之中，阿离在小博的再三劝说下，慢慢回忆着被众人长久以来对他这个生化人以前在迪曼军团从未感受过的友善与关爱所打动，终于挺身而出，决定帮助小光，以实际行动报答大家尤其是小光对他一如既往的关心和信任。最终，在阿离冒着自己被摧毁的生命危险破坏了只有迪曼人才能触碰的防护屏之后，小光使出必杀技，成功击败了金迪亚兽。
没想到之前被小光等人打败的怪物竟然与迪曼怪兽合体了，变身为拥有超双倍金元素能量的迪曼超兽。小光以一腔热血和蛮力与之抵抗。
正式脱离了迪曼军团的阿离寄住在小光家，成为了和他们一同抵抗迪曼人对地球侵略行为的伙伴。小光自从在上次的大战中召唤出了五行精灵后，这只精灵龙便一直陪伴在小光左右。
小光的班上来了一个新同学，爱莉。虽然同样都是女生，可是爱莉可爱漂亮的外貌让班上的所有人都喜欢上了她。但是，小光、敏敏、阿离和小博却不在其中。因为他们有更重要的事去做，那就是：寻找迪曼人！然而，他们所不知道的是，迪曼军团最新派遣至地球的侵略部队并不是两个人，而是三个人，其中的决策者正是化身在他们身边、人见人爱的爱莉！
迪曼侵略三人组在7035的领导下，住在了小光家的隔壁。趁着敏敏一家定期返回五行星向阿尼拉国王汇报侵略进程的契机，爱莉和姐姐雪诺盛情邀请小光到她们家中享用美食，企图在此期间套出小光这个“传说中的阿尼拉人”的弱点。迪曼侵略三人组专门设计了“迪曼镜像”程序。在释放出怪兽“幻影飞兽”后，故意在小光等人面前暴露出自己的五行土属性，引诱小光打出超双倍木缠枝绕的攻击。
敏敏想要成为五行大师，但是她的修行进度总是停滞不前。化身为爱莉哥哥凯洛的5098是个五行程序的能手，本想着套取他们的程序信息，却意外发现阿离早已提前设置了保护程序。
敏敏向小光、小博和阿离宣告了一个好消息：敏敏只用了一周的时间就急速升级为五行大师了。小光等人见到莱锐行的宇宙飞船，充满了好奇，要求进入飞船内部参观。然而飞船上的船长杰克和副船长费舍在得知阿离过去曾是迪曼人的身份后，不由分说便将阿离关押了起来。
小光一次又一次地战胜迪曼怪兽，让迪曼侵略三人组头疼不已。爱莉大胆地推断：真实的小光是一个极端智慧且掩饰得很好的厉害角色！于是，侵略三人组大张旗鼓地捯饬出一款程序，以测试游戏为名，将小光等人一起骗到了爱莉家中。他们趁其不备用特殊光波照小光，令他的思考能力降低，然后放出了怪兽“葛利斯库里”。
当大家都在梦乡中熟睡之时，爱莉带领雪诺、凯洛一起潜入了小光家。他们把一个小小的角型装置装在了小光的额头上，这个装置不仅装载有监视、窃听的程序，更是可以对小光在潜移默化中进行精神控制，从而将其转变为侵略地球行动中最优秀的士兵。
阿离发现了小光身上被强行加载的精神控制程序后，动手将其解除。小光暂住在了敏敏家中，由他们全家一同照料。爱莉率领着雪诺和凯洛以“探望小光同学”为名，骗取了戴伟和安静的信任，潜入了敏敏家中。
彻底识穿了爱莉一行三人的真实身份后，小光等人发现他们的作战基地紧邻小光家，但爱莉家已是人去楼空。为了避免日后大家再被变成迪曼人的可能性，阿离独自研究起了精神控制程序。三番四次的对战虽然让爱莉饱尝了失败的滋味，但也同时让她掌握到了小光、敏敏等人的弱点。
小光、阿离和敏敏一家为了精神控制程序的事决定去五行星告知敏敏爷爷，而小博因为要上补习班而没办法去。莱锐行注意到有一艘迪曼飞船飞向了五行星，于是悄悄地跟随着迪曼双姝来到了五行星上的远古遗址，亲眼目睹了迪曼双姝轻易地破除了基因密码锁。敏敏爷爷十分紧张，因为4706被关在果阿遗址。
获悉小博被地球上的国际联邦政府逮捕后，阿尼拉国王觉得不能再坐视不理，一方面派遣拉鲁迟迟展开侵略，另一方面却造成了宇宙间各星球之间的误会。迪曼双姝对4706进行了一通花言巧语，成功激起怒火，决心对地球再度发起更猛烈的攻击。信心满满、来势汹汹的4706再战小光时，放出了迪曼毁灭。小光并不以为意，他更着急的是要尽快救出被关押着的小博。
阿尼拉国王时隔多年之后终于明白了莱锐行作为“传说中的阿尼拉人”的引导者这一命运安排的特殊身份和使命，才在当年不辞而别、放弃了继任国王的宝座。郁结在阿尼拉国王心头多年的误会终于解开了，但很快他的另一个儿子拉鲁又让他不省心了。
完成了地球避难安排工作的戴伟，将小光的真实身份和行踪如实告知了爱玛。爱玛在吃惊和担心之余，却并没有表现出过多的慌张，因为她明白小光的所作所为一直都只是认真遵守着他和爸爸的约定而已。刚养好伤的莱锐行在敏敏的陪同下，也来到了地球，协助戴伟他们一起对地球上的人们进行疏散及撤离。
位于宇宙要塞的暗黑星上，京刺客正在谒见杰罗，并一同看到了由迪曼双姝传送来的4706临死前的影像。京刺客主动请缨，接替了消灭传说中的阿尼拉人的任务。
按照杰罗所言，地球将在30天后彻底毁灭。为了击败杰罗、拯救地球，小光等人决定主动出击，向宇宙进发，寻找杰罗所在的暗黑星。但临出发前，小博却伤心地告诉大家自己无法一同前往。
继多名得力干将被传说中的阿尼拉人击败后，又有人向杰罗毛遂自荐了。他正是肉体强化型迪曼人的实验体——佛艾德。这一次他是找到了吉古拉星的管理官员。他向行驶在宇宙空间中的莱锐行的宇宙飞船发去了求救信号，将他们骗到了已是一片废墟的吉古拉星，为的就是就是与小光一对一地实力对战。
飞行中的宇宙飞船突遇变故，由于冲撞到了悬崖，造成了引擎中止、能量供给不足以及外部保护层消失等多项问题，急需降落并进行修理。待他们一降落，就遇到了银河系里最原始的生物、宇宙中的候鸟——呆呆鹰。呆呆鹰们对小光一行产生了误会，将他们视作会对自己的蛋造成威胁的侵略者而发起了攻击。
戴伟夫妇前往向往已久的喜马拉雅冰河地带进行地质调查，却在无意间从冰河深处检测到了微弱的阿尼拉粒子反应，令他们大感意外。然而冰河内的洞窟俨然神殿模样，与五行星上的果阿遗址如出一辙，洞窟内竟然还有与果阿遗址里噶尔玛石板成对的另一块石板。
就在小光兴致勃勃地为守护地球和银河系的和平发动宣言之时，远在地球的马丽老师却给他带来了一个噩耗：由于小光的成绩太过糟糕，面临着留级的危险。敏敏、阿离和小博三人轮番为他辅导。
因阿离的失败而受到连带责任的上校（迪曼编号：3723）虽然已经被迪曼军团逐出暗黑星多时，但却突然主动联系到了迪曼双姝，请求以自己的出征来赎罪。尽管对3723的能力并不信任，但迪曼双姝还是欣然接受了他的请求，只因在她们的战术中正欠缺一个可以用来拖延时间环节。
经过多番波折，莱锐行的的宇宙飞船搭载着小光一行人终于抵达了暗黑星所在的桑寅空域。而在刚靠近桑寅空域时，为了避免被迪曼军团的雷达探测到他们的行踪，宇宙飞船便全面开启了隐形屏障。就在他们在茫茫无边际的桑寅空域中寻找暗黑星的具体位置时，却意外探索到了被打得破落不堪的爱莉的宇宙飞船。
在与地球上的家人定期联络中，大家汇报着生活进度、互道平安之余，禅大师悄悄地叮嘱莱锐行要好好照顾小博，因为是有了他对小博的父母会确保小博的安全这一承诺后，他们才放心送小博前往宇宙空间进行拯救地球及整个银河系的冒险行动的
对战中，黑目炎魔浑身上下突然开始散发出不祥的黑暗元素，升级为暗黑侯爵继而他的背后产生出一股巨大的黑暗元素漩涡。在众人不知如何应对是好的时候，暗黑侯爵已经着手制造可怕的小黑洞，以此来将小光他们一个个吞噬。
地球面临危机，阿离决定一人前往暗黑星，暗黑星上有个操控全部系统的暗黑星核，那是一个人工智能，他要找出暗黑星核，用这个归零器毁掉它。但是，能活着回来的可能性很低。阿离让小伙伴回地球，剩下的交给他处理。
阿离和敏敏登陆王位的电脑，看到了葛诺马的映像，说是葛诺马制造了杰罗，两人震惊不已。敏敏说：“简直不敢相信，制造出杰罗和迪曼军团的，竟然会是我们阿尼拉人……”“如果这是事实，那么侵略宇宙的迪曼军团，与迪曼人敌对的阿尼拉人，还有传说中的阿尼拉人小光他们这些地球人，全是从地球上诞生的。”阿离陷入沉思。
黑暗元素让太阳元素全部集合到杰罗那边了，黑暗元素继续下去，就会导致整个宇宙会在一瞬间消失。阿离等人想要阻止杰罗，虽然他们的意志没有被控制，但身体已不听使唤，他们想用语言帮助小光，他们齐心协力，战胜了黑暗势力。
