รายงานจาก POD 042 สากลศักราชปี 5012 "มนุษย์ต่างดาว" เข้ารุกรานดาวโลก มนุษย์อพยพไปอยู่บนดวงจันทร์ เกิดสงครามระหว่าง "เครื่องจักรมีชีวิต" กับ "แอนดรอยด์" อย่างต่อเนื่อง สากลศักราชปี 11945 "การปฏิบัติการรบทางอากาศครั้งที่ 243" หลังจากนั้น หน่วย "YorHa" ได้ส่งตัว ทูบีและไนน์เอสออกสำรวจพื้นโลก ทวงคืนอาณาเขตของมนุษย์ ระหว่างปฏิบัติภารกิจในตัวเมือง พวกเขาถูกขอร้องให้ช่วยตามหาเบาะแสของแอนดรอยด์คนหนึ่ง
