Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet. Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
När Jaden blir försenad till antagningsprovet för Duellakademin behöver han gå över och förbi förväntningarna för att bevisa att han hör hemma där.
De nya eleverna välkomnas till Duellakademin men Jaden får ett mindre varmt välkomnande av Chazz som utmanar honom på duell.
När Syrus av misstag snubblar in i flickornas sovsal sätter han sig själv och Jaden i fara för att bli utslängda och Jaden får duellera för deras frihet.
Det är dags för prov på Duellakademin och det är upp till bevis för att kunna avancera.
När Jaden och gänget går in i ett övergivet elevhem möter de en mystisk duellant som tar Alexis till fånga.
Jaden är tvungen att duellera mot den mystiska skuggduellanten för att rädda både sin och Alexis själ.
Efter att ha åkt fast för att utan tillåselse gå in i det övergivna elevhemmet, får Jaden och Syrus en bestraffning: de får duellera som ett par om sin fortsättning på Duellakademin.
För att hjälpa Syrus att öka sitt självförtroende vill Jaden utmana Zane, Syrus äldre bror och den bästa duellanten på Duellakadamein.
När Chumleys far kommer för att ta honom ifrån Duellakademin gör Jaden och Syrus allt för att han ska få stanna.
Dubbelduellen som ska avgöra Jaden och Syrus framtid på Duellakademin börjar, och de får riktigt tufft motstånd.
I den viktiga dubbelduellen mot Paradox-bröderna måste Syrus komma över problemen med sin äldre bror för att kunna vinna matchen.
Dr Crowler väljer ut Bastion som sin nya skyddsling, men först måste Bastion slå Chazz i en duell för att bevisa att han har vad som krävs.
När Chazz plötsligt försvinner, går Jaden och gänget och letar efter honom. Men istället för att finna Chazz möter de en duellerande apa.
Jaden står inför en övernaturlig duell när han måste duellera för att vinna tillbaka några elevers själar.
Jaden hamnar mitt i en duell mot en sportfåne som försöker vinna Alexis hjärta och sätta Jaden i dålig dager.
En enorm duelljätte har setts på skolområdet, och Dr Crowler övertalar Jaden att leta upp honom och möta honom i en duell. Men när Jaden får tag i den mystiska jätten måste han vinna för att inte själv bli nästa offer.
Någon stjäl äggmackor, så Jaden och gänget sätter sig på vakt för att fånga gärningsmannen. Men när tjuven visar sig vara en före detta student som nu bor i naturen drar en vild duell igång.
En kopierande duellist stjäl Yugi Mutos lek och maner och Jaden måste duellera mot honom för att vinna leken tillbaka.
Jaden fortsätter sin duell mot den kopierande duellisten, och gör sitt bästa för att vinna över den legendariska och kraftfulla lek som en gång användes av ”The King of Games”.
När en kärlekskrank flicka smyger in i pojkarnas sovsal utmanar Jaden henne på en duell för att ta reda på exakt varför hon är där och vad hon vill.
Jaden och Bastion får duellera om vem som ska representera Duellakademin i den stora skolduellen mellan Duellakademin och Norra akademin
Jaden och Bastion fortsätter sin duell för att vinna äran att representera Duellakademin i den stora skolduellen. Vem ska stå som segrare?
Dr Crowler kan inte förlika sig med tanken att Jade ska representera Duellakademin i den stora skoduellen, så han arrangerar en ny duell.
När Chazz blir skeppsbruten på havet hamnar han plötsligt utanför dörren till Norra akademin och han får ge sig in i en femtio man stark duell för att visa sitt värde.
Det är Jaden mot Chazz i skolduellen och med Chazzs bröder närvarande, där de ger Chazz order att vinna, har insatserna aldrig varit högre.
Jaden och Chazz duellerar in i sista sekund och det verkar som vi får två vinnare, en som vinner duellen och en som vinner något helt annat.
När Jaden och gänget blir fångade i en uråldrig värld är det upp till Jaden att vinna en duell eller bli levande begraven med resten av sina vänner.
Jaden forsätter att slåss i duellen om sitt liv. Ska Jaden vinna så att gänget får komma tillbaka till sin egen värld?
När Skuggryttarna dyker upp vid Duellakademin för att släppa lös de heliga demonkorten är Jaden först på tur att försöka rädda skolan.
Jaden fortsätter sin duell mot Skuggryttaren, också känd som Nightshroud. Men vem är egentligen denna hemliga Nightshroud?
En tjejvampyr vid namn Camila är den andra Skuggryttaren som anländer till Duellakademin, men hon är inte där för att suga blod utan för att suga upp själar!
Camula fortsätter att härja runt på Duellakademin och den här gången har hon siktet inställt på Zane. Hon tvingar honom att välja mellan att vinna duellen eller rädda sin lillebror.
Till slut träder Jaden fram för att utmana Camula. Kan han vinna över henne och rädda själarna till Dr Crowler och Zane?
Jaden och gänget blir fast i en konstig andevärld där en duellist som är väldigt lik Kaiba tvingar Jaden att våga möta sin största rädsla för att lära sig vinna över den.
Chazz bröder har kommit tillbaka till Duellakademin för hämnd och tvingar Chazz att duellera mot dem. Om han förlorar riskerar hela Duellakademin att förstöras.
Den tredje skuggryttaren anländer och hon använder alla sina feminina sidor för att distrahera Bastion och vinna duellen.
Jaden måste duellera mot Tania för att väcka Bastion från sin förälskelse och förhindra att Skuggryttarna vinner ytterligare en andenyckel.
En pirat utmanar Jaden i en duell som, om han förlorar, innebär att han blir tvingad ner till en ny Duellakademi på havets botten.
I ett desperat försök att komma åt de resterande andenycklarna, kommer en grupp av Skuggryttare och stjäl dem. Men det slutar i en duell mot Chazz.
Den femte skuggryttaren har släppts lös på Duellakademin och med en helt obesegrad historia och ett legendariskt rykte är han den mest kraftfulla av dem alla? eller är han det?
Titan övertalar Alexis att duellera mot honom genom att lova att om hon vinner får hennes bror Atticus alla sina minnen tillbaka. Men om hon förlorar är det hon som behöver räddas!
Det är Duellmonsterandarnas dag på Duellakademin. Men alla förklädnader gör allt lite snurrigt, vem är egentligen utklädd och vem är på riktigt?
En mystisk Spelare dyker upp på Duellakademin och han vill bestämt duellera mot Alexis för att visa sina färdigheter och sin? kärlek?
När Jaden och gänget letar efter Professor Banner finner de den sjunde skuggryttaren istället, och han är ännu farligare än de någonsin har kunnat ana.
Jaden måste möta Amnael, den sjunde skuggryttaren, i en match som kommer att avgöra inte bara hans öde utan också alla hans vänners öde.
Jaden måste höja sig till en helt ny nivå av duellexpertis för att vinna den så otroligt viktiga matchen.
Chazz arrangerar en duell med Alexis för att kunna bevisa sin kärlek till henne, men Alexis har andra idéer.
Kagemaru, ledaren för Skuggryttarna, kommer till Duellakademin och kräver en duell mot Jaden för att kunna låsa upp de heliga demonkorten och vinna styrka att styra världen.
Kagemaru och Jaden fortsätter duellen där hela världens öde och de heliga demonernas andar står på spel!
När Chumley får ett erbjudande om att designa kort på Industrial Illusions måste han först slå Dr Crowler i en duell för att vinna hans tillåtelse.
Zane väljer Jaden som motståndare i den prestigefyllda examensmatchen vilket ger Jaden en chans till revansch för hans tidigare förlust.
Zane och Jaden duellerar vidare i skolårets sista duell. Det är nu det ska avgöras vem som verkligen är den bästa duellanten på skolan.
