Shidou Itsuka stoi w obliczu większego niebezpieczeństwa niż kiedykolwiek z powodu jego ciągłego zaangażowania w Ratatoskr. Zapieczętował już 10 Duchów, a Isaac Westcott, przywódca Deus Ex Machina Industries, postanowił zabić Shidou i zagarnąć moce Duchów dla siebie.Aby osiągnąć swój cel, Isaac wypowiada totalną wojnę Ratatoskrowi, zmuszając organizację do wyczerpania swoich zasobów, aby zapewnić przetrwanie Shidou. Pomimo znacznej przewagi liczebnej i liczebnej, istnieje promyk nadziei w postaci Ducha Czasu, Kurumi Tokisaki. Shidou musi zapieczętować i zdobyć moc Kurumi, aby udać się w przeszłość i stawić czoła Duchowi Początku - katalizatorowi, od którego wszystko się zaczęło.
