Sulla sperduta isola Kujira un bambino di nome Gon Freecss si imbatte in una volpeorsa nella foresta vicino a casa sua. Il ragazzino, messo in difficoltà, viene salvato da un giovane misterioso Hunter, che in seguito gli si presenterà come l'allievo del più grande Hunter di tutti i tempi: Ging Freecss, che si rivelerà essere il padre, creduto morto, del piccolo Gon. Colpito dalla notizia, Gon decide di iscriversi all'esame per diventare un Hunter, nella speranza di trovare notizie sul padre mai conosciuto. Tuttavia, sua zia Mito è contraria e promette a Gon che lo lascerà partire solo se sarà in grado di pescare il Padrone della Palude (un pesce estremamente grosso, capace di sfuggire anche alla caccia di cinque uomini): a tale scopo gli dona una canna da pesca appartenuta a suo padre. Gon riesce nell'impresa e, nonostante sua zia continui a non essere d'accordo, parte alla volta del luogo nel quale si terrà l'esame.
