Sid ayant été défait, Maka, Soul, Black Star et Tsubaki se rendent au laboratoire du docteur Franken Stein, le scientifique à l'origine de la zombification de leur ancien professeur. La tâche s'annonce ardue : Franken Stein est en effet considéré considéré comme le meilleur Meister ayant jamais été diplômé par l'institut Shibusen...